Então eu crio dois locais em meu armazém, um para o estoque e o outro para os itens que foram usados e quando alguém solicita algo eu transfiro entre eles? Eu devo marcar o estoque de usados como sucata ou coisa do tipo ou não há necessidade? Obrigado.

Você deve fazer transferências internas.

Sempre que você efetuar uma transferência para um local de estoque virtual, o estoque vai baixar da contagem.